1984 yılında Antalya’da Müftü Yardımcısı olarak göreve başladı. Sırasıyla Hakkari-Beytüşşebap, Artvin-Şavşat gibi serhat illerde ilçe müftülüğü görevlerinde bulundu. 1985 yılında Ankara Gazi Üniversitesinde 9 aylık Fransızca kursunu tamamlayarak iyi dereceli dil sertifikası aldı. Kilis İlçe Müftülüğü sırasında 550 sayılı K.H. Kararname ile yeni kurulan Kilis ilinin Müftüsü oldu. 1997 yılında Ağrı İl Müftülüğü, 2004 yılında da Giresun İl Müftülüğü görevlerine atandı.
Müftülük yaptığı il ve ilçelerin; lise, meslek liseleri, kız meslek liseleri ve imam-hatip liselerinde Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Dersleri ile Edebiyat ve Felsefe Grubu Derslerine girerek orta dereceli okullarda 20 yıl boyunca aktif olarak öğretmenlik mesleğine de devam etti. Muhtelif konulardaki makale ve şiirleri; değişik mahlas ve müstear isimlerle çeşitli dergi ve gazetelerde yayınlandı.
İl Müftüsü Akkuş’un yurtiçinde; “Tarihin Seyri İçinde Cami ve Fonksiyonları”, “Hz. Muhammed'in (sas) Örnek Şahsiyeti”, Üniversite Gençliğine; “Yaratılanı Sevmek”, “Yunus ve Mevlana’da Sevginin Kaynağı”, “İnsanın Yaradılış Gayesi”, “İnancımız, Birliğimiz, Dirliğimiz”, “Alkol, Uyuşturucu ve Bağımlılık Yapan Maddelerin Dinimizde Yasaklanmasının Hikmetleri”, “Aile Yapımıza Yönelik Tehditler”, ayrıca kısa süreli görevlendirmelerle gittiği Almanya’nın başta Stutgart ve Münih olmak üzere değişik şehirlerinde yaşayan Türklere “Milli Kültürümüzün Şekillenmesi”, “Dilimiz, Dinimiz”, “İnancımız, Birliğimiz, Dirliğimiz”, Fransa’da “Avrupa’da Camilerin Sosyal Hayattaki Yeri ve Önemi”, 2010 Kur’an Yılı münasebetiyle “Kur’an’a Göre Kainat ve İnsan” konulu konferanslar verdi. 2012’de Almanya Essen’de üç din temsilcisinin katıldığı “Semavi Dinlerde Ticaret Ahlakı” konulu panelde katılımcı olarak bir tebliğ sundu.
Necati Akkuş 2020 Mart ayı itibari ile Bilecik Müftülüğünden emekli oldu.